Ancienne Chapelle du Saint-Esprit, ici a été fondée par la Reine D. Leonor la Sainte Maison de la Miséricorde d'Óbidos, selon la tradition, encore en 1498. L'église a subi plusieurs réformes, surtout à la fin du XVIe siècle, lorsqu'elle a été reconstruite, la plus importante, du moins à l'intérieur, étant celle menée dans la deuxième décennie du XVIIe siècle par le Provedor de la Miséricorde et le Prieur de São Pedro, le Docteur João Vieira Tinoco.

À l'extérieur, on remarque le portail d'une composition audacieuse, surmonté d'une niche avec une image de la Vierge à l'Enfant en céramique émaillée et peinte, probablement produite à Lisbonne entre 1665 et 1680 (José Meco, 1998). Les portes en bois datent de 1623.

L'intérieur, d'une seule nef, est entièrement revêtu d'azulejos bleus et jaunes de type standard ou tapis, en raison des suggestions textiles dans le motif utilisé (c.1625-30). Soulignons l'important ensemble de retables maniéristes formé par le siège/tribune des administrateurs et par les retables. Le retable du chœur, œuvre du sculpteur Manuel das Neves sous la direction de João da Costa, présente deux grandes peintures d'André Reinoso - la Visitation de la Vierge à Sainte-Élisabeth et la Pentecôte, vers 1628-1630. Les collatéraux, également du sculpteur Manuel das Neves, de 1626, dorés par Belchior de Matos (auteur du siège), abritent aujourd'hui les images du Seigneur des Douleurs et de Notre-Dame des Douleurs, toutes deux en "roca", surmontées de peintures également d'André Reinoso - le Christ en chemin vers le Calvaire et la Descente de Croix.

Au milieu du XVIIIe siècle, l'église aurait été à nouveau réformée, comme en témoigne la date de 1744 sur la façade, à partir de laquelle datent le blason royal qui surmonte le portail de l'église, un autre qui surmonte l'arc triomphal, la peinture sur le même arc, les deux armoires latérales du chœur et le plafond de la nef, avec les armoiries royales au centre. Soulignons également le lutrin en pierre sculptée, daté de 1596, décoré de cartouches et de volutes qui porte à sa base une curieuse urne pour la collecte des offrandes, et la dalle funéraire armoriée du XVIIIe siècle de la Comtesse de Cavaleiros, D. Luísa Guerra. Parmi ses œuvres imaginaires, on souligne le magnifique Christ en croix d'origine espagnole probable (XVIIe siècle) et les images de la Vierge à l'Enfant, de Saint-Antoine et de Saint-Joseph.

À côté de cette église se trouvait l'ancien Hôpital de la Miséricorde, aujourd'hui transformé en une auberge historique.