El Jardín Botánico de Padua, fundado en 1545, es el jardín botánico universitario más antiguo del mundo que ha conservado su ubicación original y ha mantenido su estructura original prácticamente sin cambios.

La estructura arquitectónica atestigua la búsqueda del equilibrio y la perfección formal de la cultura humanista.

Construido en un terreno que fue propiedad de los monjes benedictinos de Santa Giustina, donde se cultivan plantas medicinales, fue establecido por la resolución del Senado de la República de Venecia, la aceptación de la propuesta de Francesco Bonafede, reproductor de Simples, que decidió el establecimiento de una en Padua Horto Medicinal donde cultivar, observar, estudiar y probar las plantas medicinales que constituían la gran mayoría de "simples", o aquellos medicamentos que provenían directamente de la naturaleza.
Por esta razón, los primeros Jardines Botánicos se llamaron Giardini dei Semplici (Hortus Simplicium).

La necesidad de tal institución es clara cuando se considera que las plantas medicinales eran en ese momento el principal recurso terapéutico y que su uso, con fines terapéuticos, se basaba casi exclusivamente en los textos del griego antiguo, latín y árabe.
La interpretación de estos textos, también debido a las diversas transcripciones, fue muy controvertida y frecuente fueron los errores de identificación de las especies descritas. Esto a menudo condujo al uso de plantas incorrectas, ineficaces y con frecuencia dañinas en medicina.

La posibilidad de tener un Horto donde los estudiantes de Medicina también podrían recibir una preparación práctica, así como una teórica, y la práctica en el reconocimiento de drogas vegetales, también permitió identificar las sofisticaciones y fraudes frecuentes que eran en ese momento simples plantas, por proveedores y spezia.

El proyecto dell'Orto se atribuye al patricio veneciano Daniele Barbaro, que más tarde se convirtió en Patriarca de Aquilea, y a Pietro da Noale, un distinguido profesor de Medicina de la Universidad de Padua.

La creación es la obra en lugar de Bérgamo Andrea Moroni, cuyo nombre está relacionado con muchas otras obras de arquitectura de Padua, incluyendo el Palacio Bo (Sede de la Universidad), la Basílica de Santa Giustina y el edificio que actualmente alberga el Ayuntamiento (Palazzo Moroni).

Se dice que las plantas, que constaban de unos 1800 especímenes, que el primer "guardia" del jardín, Luigi Squalermo llamado Anguillara, había plantado, fueron robados después de unos días.
Por esta razón, en 1552, pocos años después de la fundación se construyó un recinto de pared circular elevada para evitar los robos nocturnos continuos y fueron también las sanciones establecidas (multas, prisión, exilio) que se impondría a cualquiera que se atreviera a robar o dañar las plantas del jardín.

El Jardín se enriqueció continuamente con plantas procedentes de diversas partes del mundo y especialmente de los países donde la República de Venecia tenía posesiones o relaciones comerciales.
Es por eso que Padua ha tenido un lugar prominente en la introducción y el estudio de muchas plantas exóticas.

Al igual que otros jardines botánicos italianos, también el Jardín Botánico de Padua, en sus más de cuatro siglos de existencia, ha contribuido a la introducción y difusión en Italia muchas plantas exóticas, algunos de los cuales son conocidos, tales como el ginkgo biloba, el magnolia, patata, jazmín, acacia y girasol, lila, ruibarbo, ciclamen persa, para un total de alrededor de 70 especies.

Una colección específica, colocada frente a los invernaderos, documenta estas presentaciones, que se muestran en orden cronológico.