L'Orto Botanico di Padova, fondato nel 1545, è il più antico Orto Botanico Universitario del mondo che abbia conservato l'ubicazione originaria e che abbia mantenuto, praticamente inalterata, la sua originaria struttura.

L'impianto architettonico testimonia la ricerca dell'equilibrio e la perfezione formale della cultura umanistica.

Realizzato su un terreno un tempo di proprietà dei monaci benedettini di Santa Giustina dove si coltivavano piante medicinali, fu istituito su delibera del Senato della Repubblica Veneta, accogliendo la proposta di Francesco Bonafede, lettore dei Semplici, che deliberò l'istituzione a Padova di un Horto Medicinale dove coltivare, osservare, studiare e sperimentare le piante medicinali che allora costituivano la grande maggioranza dei "semplici", ovvero di quei medicamenti che provenivano direttamente dalla natura.
Per questa ragione i primi Orti Botanici si chiamarono Giardini dei Semplici (Hortus Simplicium).

L'esigenza di un'istituzione di questo tipo appare chiara se si considera che le piante medicinali rappresentavano a quel tempo la principale risorsa terapeutica e che il loro impiego, ai fini terapeutici, si basava quasi esclusivamente sui testi degli antichi medici greci, latini ed arabi.
L'interpretazione di questi testi, a causa anche delle varie trascrizioni, era alquanto controversa e frequenti erano gli errori di identificazione delle specie descritte. Ciò comportava spesso l'utilizzo in medicina di piante sbagliate, inefficaci e non di rado dannose.

La possibilità di poter disporre di un Horto dove gli studenti di Medicina potessero ricevere anche una preparazione pratica, oltre che teorica, e si impratichissero nel riconoscimento delle droghe vegetali, consentiva anche di individuare le frequenti sofisticazioni e frodi cui erano soggetti a quel tempo i semplici vegetali, da parte dei fornitori e degli speziali.

Il progetto dell'Orto viene attribuito al dotto patrizio veneziano Daniele Barbaro, divenuto poi Patriarca di Aquileia, e a Pietro da Noale, insigne professore di Medicina all'Università di Padova.

La realizzazione è opera invece del bergamasco Andrea Moroni, il cui nome è legato a numerose altre opere architettoniche padovane, tra cui il Palazzo del Bo' (sede centrale dell'Università), la Basilica di Santa Giustina e il palazzo che attualmente è sede del Municipio (Palazzo Moroni).

Si narra che le piante, costituite da circa 1800 esemplari, che il primo "custode" dell'Orto, Luigi Squalermo detto Anguillara, fece piantare furono rubate dopo qualche giorno.
Per questa ragione nel 1552, pochi anni dopo la fondazione, fu costruito un alto muro circolare di recinzione per impedire i continui furti notturni e furono stabilite anche le pene (multe, carcere, esilio) che sarebbero state inflitte a tutti coloro che avessero osato rubare o danneggiare le piante dell'Orto.

L'Orto fu continuamente arricchito di piante provenienti da varie parti del mondo e specialmente dai paesi dove la Repubblica di Venezia aveva possedimenti o rapporti commerciali.
Per questo Padova ha avuto un posto preminente nell'introduzione e nello studio di molte piante esotiche.

Analogamente agli altri Orti Botanici italiani, anche l'Orto Botanico patavino, durante i suoi oltre quattro secoli di vita, ha contribuito all'introduzione e alla diffusione in Italia di numerose piante esotiche, alcune delle quali molto note, come il ginkgo biloba, la magnolia, la patata, il gelsomino, l'acacia e il girasole, il lillà, il rabarbaro, il ciclamino persiano, per un totale di circa 70 specie.

Una specifica raccolta, collocata di fronte alle serre, documenta queste introduzioni, che sono esposte in ordine cronologico.